Browsing by Author "Flanagan, Nicola Sian"

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    Aislamiento e identificación de bacterias solubilizadoras de fosfatos (BSF) asociadas a la rizósfera de vanilla spp.
    (Pontificia Universidad Javeriana Cali, 2019) García Marulanda, Zeneth Vanessa; Mosquera Espinosa, Ana Teresa; Flanagan, Nicola Sian
    Los suelos de la región biogeográfica del Choco en la costa pacífica colombiana son altamente ácidos, lo que conduce a una baja disponibilidad de nutrientes para las plantas, en particular el fósforo. Una estrategia adoptada por las plantas a los suelos ácidos es la asociación con microorganismos de la rizósfera, tanto hongos como bacterias, que contribuyen a mejorar la disponibilidad de los nutrientes. La estrategia adoptada por las bacterias rizosféricas solubilizadoras de fosfato contribuyen a mejorar la eficiencia de utilización del mismo. En la presente investigación se evaluó el aislamiento e identificación de bacterias solubilizadoras de fosfato asociadas a la rizósfera de plantas silvestres de Vanilla spp. Para lo cual, se planteó como objetivos: 1) Identificar el mejor medio de cultivo selectivo y la mejor dilución para el aislamiento de Bacterias Solubilizadoras de Fosfato (BSF); 2) Estandarizar la metodología para la preservación y reactivación de BSF; 3) Identificar a nivel molecular, las especies bacterianas presentes en la rizósfera de algunas especies silvestre de Vanilla. De seis especies de Vanilla colectadas en dos municipios del Valle del Cauca fue posible obtener un total de 612 aislamientos, de los cuales 100 fueron seleccionados por morfotipo y de estos 65 fueron identificados hasta especie.. Para considerar el mejor medio de cultivo selectivo y dilución se realizó la prueba de Regresión de Poisson, la cual indicó el medio Pikovskaya (PVK) y la dilución 10-4 como las mejores condiciones para el aislamiento de BSF. La estandarización de la metodología de preservación y reactivación de las BSF mediante el análisis de prueba de Fisher permitió identificar que se pierde el 25% de la población total preservada seis (6) meses después de su preservación. De igual forma, la identificación de los aislamientos se realizó mediante la secuenciación de la región ribosomal 16S y búsquedas BLAST en GenBank predominando géneros como Burkholderia y Bacillus.
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    Guía práctica : implementación de metodologías para el aislamiento, preservación y uso de hongos micorrízicos de orquídeas
    (Pontificia Universidad Javeriana de Cali, 2024) Ramírez Bejarano, Erika Vanessa; Flanagan, Nicola Sian; Ventre Lespiaucq, Agustina; Mosquera Espinosa, Ana Teresa
    El presente manuscrito proporciona información detallada de la relación entre orquídeas y hongos benéficos que participan de su nutrición, dicho de manera técnica las micorrizas orquidioides, destacando la importancia de estos hongos en la conservación y adaptación de las orquídeas. Se presentan los procedimientos claves, desde la observación en campo de las orquídeas en su hábitat natural hasta la extracción en laboratorio de sus hongos simbiontes que están en las raíces formando pelotones. Se describe en detalle los protocolos de aislamiento, identificación, preservación y uso de los hongos micorrízicos que son esenciales para la germinación en campo y laboratorio de las semillas microscópicas de las orquídeas. Lo anterior es fundamental, para la recuperación de poblaciones de plantas tan amenazadas por malas prácticas de los humanos, por lo tanto, el material que se brinda es de importancia práctica y teórica en la conservación de la biodiversidad vegetal. Finalmente, se espera que esta cartilla sea un recurso integral no solo para investigadores, sino conservacionistas y amantes de las orquídeas interesados en contribuir a la protección de las mismas. Reunir varias áreas de estudio, como ecología, microbiología y técnicas moleculares principalmente, proporciona bases sólidas para el estudio y la aplicación de estrategias que propenden por el cuidado y protección efectivas de estas maravillosas plantas en peligro poniendo foco a los hongos micorrízicos orquidioides.
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    Guía práctica: Implementación de metodologías para el aislamiento, preservación y uso de hongos micorrízicos de orquídeas
    (Sello Editorial Javeriano, 2024) Ramírez Bejarano, Erika Vanessa; Flanagan, Nicola Sian; Ventre Lespiaucq, Agustina; Mosquera Espinosa, Ana Teresa
    El presente manuscrito proporciona información detallada de la relación entre orquídeas y hongos benéficos que participan de su nutrición, dicho de manera técnica las micorrizas orquidioides, destacando la importancia de estos hongos en la conservación y adaptación de las orquídeas. Se presentan los procedimientos claves, desde la observación en campo de las orquídeas en su hábitat natural hasta la extracción en laboratorio de sus hongos simbiontes que están en las raíces formando pelotones. Se describe en detalle los protocolos de aislamiento, identificación, preservación y uso de los hongos micorrízicos que son esenciales para la germinación en campo y laboratorio de las semillas microscópicas de las orquídeas. Lo anterior es fundamental, para la recuperación de poblaciones de plantas tan amenazadas por malas prácticas de los humanos, por lo tanto, el material que se brinda es de importancia práctica y teórica en la conservación de la biodiversidad vegetal. Finalmente, se espera que esta cartilla sea un recurso integral no solo para investigadores, sino conservacionistas y amantes de las orquídeas interesados en contribuir a la protección de las mismas. Reunir varias áreas de estudio, como ecología, microbiología y técnicas moleculares principalmente, proporciona bases sólidas para el estudio y la aplicación de estrategias que propenden por el cuidado y protección efectivas de estas maravillosas plantas en peligro poniendo foco a los hongos micorrízicos orquidioides.
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    Valoración del potencial de la rana invasora eleutherodactylus Johnstonei como vector del hongo patógeno batrachochytrium dendrobatidis
    (Pontificia Universidad Javeriana de Cali, 2021) Rodríguez Betancourt, Andrés Felipe; Flechas, Sandra Victoria; Flanagan, Nicola Sian
    La quitridiomicosis, causada por el hongo microscópico Batrachochytrium dendrobatidis(Bd), es al día de hoy una de las principales amenazas hacia la supervivencia de los anfibios a nivel mundial. Su incidencia sobre 501 especies y la marcada variación en los grados de tolerancia al patógeno por parte de éstas, plantea la necesidad de monitorear la incidencia de Bd en ensamblajes de anfibios de manera continua. Un factor a considerar al momento de entender la dispersión del hongo hacia ambientes nuevos es la introducción de especies invasoras a nuevos hábitats por medios antrópicos, más aún cuando se tienen registros de altos niveles de tolerancia a la infección por parte de algunas de estas especies. Este estudio, plantea la primera valoración en Suramérica de la prevalencia de Bd sobre la especie invasora Eleutherodactylus johnstonei. Se muestrearon 124 individuos, de los cuales 104 corresponden a E. johnstonei, 2 a Boana xerophylla, 12 a Dendropsophus columbianus y 6 a Scinax ruber en seis localidades de la zona periurbana del municipio de Jamundí. Se realizó extracción de DNA usando GeneReleaser (Bioventures inc) y se realizó PCR convencional utilizando los primers Bd1a y Bd2a (Annis et. al., 2004). Se obtuvo únicamente un resultado positivo para Bd en la especie Scinax ruber, que fue enviado a Macrogen Korea, para su posterior secuenciación. Se presenta la secuencia consenso de la región ITS rRNA obtenida mediante el software Geneious versión 6.0, correspondiente a Bd y se discuten las implicaciones de este resultado positivo para la zona.