Caracterización molecular y análisis filogenético de fusarium spp. asociado al cultivo de vainilla y sus parientes silvestres en el Valle del Cauca
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Date
2023
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Publisher
Pontificia Universidad Javeriana de Cali
Abstract
Las enfermedades causadas por hongos fitopatógenos inducen grandes pérdidas económicas alrededor del mundo. Uno de los cultivos afectados es el de vainilla, con la especie comercial Vanilla planifolia, una orquídea de interés en la industria alimenticia, cosmética y farmacéutica. Existen diversos hongos patógenos asociados a sus enfermedades, sin embargo, la pudrición de tallo y raíz ocasionada por el hongo Fusarium oxysporum f. sp. vanillae (Fov) y la pudrición de cuello de raíz y raíces terrestres ocasionada por Fusarium oxysporum f. sp. radicis-vanillae (Forv), denominadas fusariosis, constituyen la principal limitante en los planes de expansión de este cultivo. En Colombia, la vainilla es un cultivo reciente por lo que se tiene un bajo nivel de conocimiento sobre su manejo agronómico y en especial fitosanitario. Estohace necesario realizar la caracterización molecular de los agentes patógenos que ocasionan fusariosis y avanzar con la información sobre la fitopatología de vainilla en el país. En el presente estudio se caracterizó molecularmente aislamientos del género Fusarium obtenidos de plantas de Vanilla planifoliay sus parientes cercanos a partir de secuenciación de regiones específicas del genoma con aplicación para el diagnóstico molecular, ITS-rRNA y EF1- α. Utilizando el motor de búsqueda BLAST, se identificaron las secuencias con mayor similitud en GenBank, y se desarrollaron análisis filogenéticos para cada locus, incluyendo cepas de F. oxysporum aislados de vainilla y reportados previamente en la literatura. Se generaron secuencias de ADN para ITS-rRNA (24 aislamientos) y EF1- α (14 aislamientos). Al secuenciar una cepa para ambos loci, las identificaciones moleculares fueron iguales que correspondieron a F. oxysporum (12 cepas), F. solani (5 cepas), F. verticillioides (3 cepas), F. concentricum (2 cepas), F. pseudocircinatum (2 cepas) y F. proliferatum (1 cepa). En el locus ITS-rRNA, se evidenció la afinidad de los aislados de F. oxysporum a la f.sp. vanillae. En la filogenia del locus EF1- α las secuencias disponibles para Forv se agrupan con las de Fov, indicando sus genotipos en este locus son indistinguibles. Por ende, se confirma la presencia en plantas de V. planifolia en condiciones circa situm en Colombia de hongos con genotipos afín a Fov y Forv. Los resultados permiten esclarecer la relación entre Fov y Forv y entender el estado fitosanitario de la vainilla en condiciones circa situm, con el fin de diseñar planes de manejo integrado de enfermedades, así como también el desarrollo de buenas prácticas agroecológicas para programas de conservación y uso sostenible.