Optimización de primers de PCR para el diagnóstico de especies de orquídeas en Colombia mediante Código de Barras de la Vida

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dc.contributor.advisorFlanagan, Nicola S.spa
dc.contributor.authorNavia Samboni, Yeison Andrésspa
dc.date.accessioned2024-06-04T05:33:31Z
dc.date.available2024-06-04T05:33:31Z
dc.date.issued2021spa
dc.description.abstractLa identificación de especies es esencial para conocer y descifrar la biodiversidad. El Código de Barras de la Vida (DNA barcode), es una herramienta molecular de identificación rápida y precisa que usa regiones semi-conservadas del genoma. Sin embargo, en plantas no hay un acuerdo sobre qué región del genoma sirven para actuar como códigos de barra de la vida universales en plantas. Además, para los loci sugeridos existen dos o más distintos pares de primers. Este trabajo evalúa la eficiencia en términos de éxito de amplificación de PCR y de variabilidad genética de seis loci, cinco del genoma del cloroplasto, matK, trnH-psbA, rbcL, ycf1-3’ y ycf1-5’, y un locus del genoma nuclear, rRNA-ITS, a través de un panel de ocho especies que representan las cuatro subfamilias de orquídeas presentes en Colombia. Al mismo tiempo, se optimizaron las condiciones de la PCR para temperatura de anillamiento de los primers y la concentración del Mg. Los resultados sugieren el uso del locus rRNA-ITS con los primers 17SE y 26SE para el diagnóstico de especies de orquídeas colombianas. Seaplicaron la estandarización de la metodología y el locus seleccionado anteriormente para elcaso de estudio sobre una comunidad de seis morfotipos del género Vanilla, en el municipio de Bahía Solano, Chocó. Cinco morfotipos fueron identificados hasta especie, basado en caracterización morfológica y genética; y un morfotipo no fue posible identificarlo morfológicamente. También se corroboró que el locus rRNA-ITS, presenta mayor variación interespecífica, lo que contribuye adecuadamente en el diagnóstico a nivel de especie en la familia Orchidaceae en Colombia.spa
dc.formatapplication/pdfspa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.identifier.urihttps://vitela.javerianacali.edu.co/handle/11522/1883
dc.language.isospaspa
dc.publisherPontificia Universidad Javeriana de Calispa
dc.publisher.placeCalispa
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf24spa
dc.rights.creativecommonshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/spa
dc.sourcePontificia Universidad Javeriana de Calispa
dc.sourceVitelaspa
dc.subject.proposalDNA barcodespa
dc.subject.proposalPrimersspa
dc.subject.proposalVanillaspa
dc.subject.proposalOptimizaciónspa
dc.subject.proposalPCRspa
dc.subject.proposalDiagnóstico de especiesspa
dc.titleOptimización de primers de PCR para el diagnóstico de especies de orquídeas en Colombia mediante Código de Barras de la Vidaspa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_46ecspa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/teshisspa
dc.type.hasversioninfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionspa
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía – Pregradospa
dc.type.redcolhttps://purl.org/redcol/resource_type/TPspa
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