Desde una perspectiva del pluralismo jurídico, el presente artículo aborda los límites de la autonomía étnica territorial existentes en el Consejo Comunitario de la Comunidad Negra del Río Naya. Sustentado en un análisis jurisprudencial y entrevistas semiestructuradas, se hace un recorrido sobre los orígenes de la referida entidad y su constitución como autoridad étnica. Así mismo, se identificaron determinados factores que restringen el ejercicio de la autonomía étnico territorial de este Consejo: La presencia de actores armados ilegales en el territorio; los conflictos derivados por la existencia de otras organizaciones y/o autoridades en el territorio; la deficiente coordinación y cooperación entre el Consejo Comunitario y el Estado; y los conflictos territoriales de carácter interétnico e intercultural. La relevancia y el problema de investigación de esta investigación consiste en vislumbrar los factores que limitan la autonomía con la finalidad de que el Estado adopte las medidas que permita el ejercicio real de la autonomía del Consejo.